Le conseil communautaire du 28 avril a installé dix commissions thématiques pour la durée du mandat. Présidées de droit par le président, elles étudieront les dossiers avant leur présentation en séance plénière. Elles n’ont pas de pouvoir décisionnel, mais leurs avis doivent nourrir les votes des élus, un fonctionnement qui illustre bien la différence entre conseil municipal et conseil intercommunal dans le processus de décision.
Chaque commission correspond à une vice-présidence : affaires générales et mutualisation, cycle de l’eau et projets structurants, tourisme, finances et achats, urbanisme et habitat, développement économique, déchets, mobilités et transports, culture, sport et vie associative, développement numérique et communication. Les communes ont été invitées à se répartir équitablement dans ces groupes de travail. Les communes disposant d’un ou deux délégués communautaires pourront aussi y envoyer des conseillers municipaux non délégués.
L’assemblée a également élu les membres de la Commission d’appel d’offres et de la Commission de délégation de service public. Ces instances permanentes examinent respectivement les marchés publics et les procédures d’attribution ou de renouvellement des délégations de service public, notamment dans des domaines comme l’eau ou les déchets. Pour assurer la transparence de ces débats, les citoyens peuvent d'ailleurs assister au conseil intercommunal lors des séances publiques.
La composition de la future Commission locale d’évaluation des charges transférées a aussi été précisée. Chaque conseil municipal devra y désigner au moins un représentant. Cette commission devra évaluer le coût des compétences transférées à l’intercommunalité conformément aux règles de la fiscalité professionnelle unique, ce qui permet de savoir qui décide des impôts locaux par la suite, avec des conséquences possibles sur les finances locales et la fiscalité.